合同實質(zhì)變更法律后果是按照新的協(xié)議履行；

合同的變更，主要是在保持原合同關(guān)系的基礎(chǔ)上，使合同內(nèi)容發(fā)生變化。合同變更的實質(zhì)是以變更后的合同條款代替了原合同條款，使當事人之間產(chǎn)生了新的權(quán)利義務(wù)關(guān)系。因此，在合同發(fā)生變更以后，當事人應當按照變更后的內(nèi)容履行，任何一方違反變更后的合同內(nèi)容都構(gòu)成違約。

合同的變更不能對已履行的部分產(chǎn)生效力，對于已按原合同所作的履行無溯及力，任何一方都不能因為合同的變更而單方面要求另一方返還已經(jīng)作出的履行。但是，對于已經(jīng)支付的價款或者報酬(或其他費用)和標的物數(shù)量多于變更后的，多收的部分應當返還。

其他法律規(guī)定或者當事人約定變更合同時可以免責的。在合同明確規(guī)定免責的情況下，只要不違反法律規(guī)定，當一方當事人提出變更時，可以不承擔賠償責任。

二、變更索賠是什么意思

變更是指修正設(shè)計圖紙中的錯誤、漏項、增減工程以及為優(yōu)化設(shè)計、方便施工發(fā)生的變更。

因修正設(shè)計圖紙中的錯誤、漏項和改變結(jié)構(gòu)、增減單項工程致使施工單位增減費用以及為優(yōu)化設(shè)計、方便施工發(fā)生的變更。主要有：

1.現(xiàn)場實際施工環(huán)境與設(shè)計圖紙不符，主要表現(xiàn)為地質(zhì)情況的差異、地面橫斷面變化、分項工程數(shù)量差等；

2.業(yè)主基于質(zhì)量、安全、造價、竣工后使用等原因，要求增減的工程項目，以及為滿足環(huán)保等要求需增設(shè)的工程；

3.應地方政府和當?shù)厝罕娨笮柙鲈O(shè)的工程。

索賠是指在合同實施過程中，因非自身原因造成的工程延期、費用增加而要求業(yè)主給予補償損失的權(quán)利要求。